沼气池投料和发酵运行过程中不得投入有害物质，要做到四禁，保证沼气池正常发酵和安全运行。

一是严禁向沼气池内投放各种剧毒农药。特别是有机杀菌剂、抗生素、驱虫剂等；刚消过毒的禽畜粪便、刚喷洒了农药的作物茎叶；能做土农药的各种植物如苦皮藤、桃树叶、百部、马钱子果等；辛辣物如蒜、辣椒、韭菜等及其秸秆；重金属化合物、含有毒性物质的工业废水、盐类以及洗衣粉、洗衣服水等都不能进入沼气池，以免使正常发酵遭到破坏，其至停止产气。如出现这种情况，应将池内发酵液全部清除，并用清水冲洗干净，重新投料启动。

二是禁止电石（CaC₂）入池，以免杀死池内沼气微生物或引起爆炸。

三是禁止将某些农副产品如菜籽饼（油饼）、棉籽饼、骨粉、过磷酸钙等入池，此类物质入池后易产生有毒气体，故不能入池。

四是严防地面积水（包括雨水、沟水）和屋檐水流入沼气池内，淹没气箱，冲淡料液浓度，降低池温，影响产气。