原料预处理是保证沼气工程稳定运行的前提条件，要及时去掉大块杂物，清除浮渣；严禁将不能发酵之物品，如有毒物品、塑料、废弃建材、破布、废机油等作为发酵原料投入发酵池；让发酵原料在预处理池中滞留5天左右，对有条件隔离消过毒后的冲栏水的，应当隔离。

认真监测沼气发酵运行参数，包括每天的进料量、PH值。利用监测数据分析原料浓度、PH值和温度的变化趋势，指导系统操作运行。当沼气中甲烷含量达到50%以上，沼气火焰呈浅蓝色或发酵池料液pH为7上下，均可认为是运行正常，可正常进料，直至达到设计进料量。进料浓度应不低6%，在日常运行管理中，只要产气、pH等正常，一般不需进行进料量的控制。每月要根据原料量和发酵容积量估算产气量，并做好记载，此数据将作为运行正常与否的参照。

对配套有仪表箱、电器控制柜等设备的要进行接地电阻和连线的定期检查，防止接地连线断掉、假接或电阻过大。定期更换或再生脱流塔内的脱硫剂，以保证脱硫效果和减少输气系统阻力。入冬之前，应做好设备、管道的检修及保温防冻工作。每月要对集中供气的沼气用户和管网进行巡访，并检查安全使用情况。